甘蔗研究所成立于1997年，其前身是1987年成立的甘蔗资源研究室。研究所从事“甜蜜事业”三十余载，在甘蔗资源考察采集、鉴定评价、创新利用以及作物学科人才培养等方面取得显著成绩。现依托云南农业大学澳门新甫京娱乐娱城平台、云南省现代农业甘蔗产业技术体系、云南省省级甘蔗昆明种质资源圃、云南省作物生产与智慧农业重点实验室、云南省高校作物种质资源创新与利用重点实验室等平台开展人才培养、科学研究、社会服务等工作，目前有兼职研究人员11人，其中：正高级职称5人、副高级职称4人、中级职称2人；有博士学位4人，博导3人、硕导6人，每年可招收博士、硕士研究生10-15名，另有20-30名的本科实习学生。
甘蔗研究所先后承担国家级、省（部）级等各类科研项目60余项，获得国家科技进步二等奖1项，农业部科技进步二等奖1项，云南省科技进步一等奖、二等奖、三等奖各1项，云南省自然科学二等奖、三等奖各1项，云南省百佳职工经济技术创新成果奖1项，云南省重大农业科技推广项目二等奖1项；通过省级审定5个甘蔗新品种（自育1个、引进4个），累计推广面积达2000万余亩；出版学术专著、教材6部，发表论文100余篇（SCI收录30余篇，单篇最高影响因子10.5）；获得国际发明专利1件、国家发明专利6件和实用新型专利6件；克隆并登记甘蔗抗逆相关基因20余个；培养甘蔗专业高级人才数百人。
1988年，何顺长教授获国家科技进步二等奖
2004年，甘蔗所品种推广获云南省科技进步二等奖
2021年，李富生教授获云南省科技进步一等奖（排名第五）
2006年，李富生教授获云南省自然科学三等奖（排名第一）
2003年，李富生教授获云南省科技进步三等奖（排名第二）
2012年，甘蔗团队自育品种“滇蔗01-58”获得省级审定
2003年，甘蔗团队引进品种“新台糖20号”获得省级审定
2003年，甘蔗团队引进品种“新台糖22号”获得省级审定
2022年，甘蔗团队自育的“滇蔗01104”获植物新品种权
2022年，甘蔗团队自育的“滇蔗01106”获植物新品种权
2022年，甘蔗团队自育的“滇蔗0938”获植物新品种权
